Os danos causados pela enchente de São Leopoldo atingiram a estrutura física de 16 unidades básicas de saúde (UBS), bem como mobiliários, equipamentos, materiais e insumos. O total perdido em estrutura física, equipamentos e mobiliário chega a R$ 17,3 milhões, conforme levantamento feito pela Secretaria de Saúde municipal. As unidades da região Oeste e Nordeste foram as mais atingidas.
O caso mais simbólico ocorreu na unidade de saúde da Paim, que foi inaugurada no dia 27 de abril, uma semana antes da tragédia, e teve toda sua estrutura comprometida. Outros serviços foram atingidos, como a Unidade de Pronto Atendimento (UPA), Farmácia Municipal, Farmácia Estadual, Consultório Farmacêutico, Serviço de Atendimento Especializado, Laboratório Municipal Especializado, Centro de Atenção Psicossocial Infanto-Juvenil (Caps IJ), dentre outros. Hospitais de campanha foram criados na cidade para atender a demanda.
Durante o enfrentamento da situação de calamidade pública oriunda das inundações, foram organizados 126 abrigos para dar assistência às pessoas afetadas pela enchente, sendo 47 na região norte, 20 na região central, três na região oeste, 20 na região leste, 19 na região sudeste, e 25 na região sul. Todos os abrigos foram assistidos por equipes de saúde volantes ou fixas. Do dia 2 até 23 de maio foram registrados, pelo menos, 3.680 atendimentos de saúde na cidade.